تُختار اللجنة العلمية في كل دورة من دورات المؤتمر العالمي لعمارة المساجد من بين الباحثين والأكاديميين ذوي الخبرة الدولية والمتخصصين في مجال عمارة المساجد والفنون والدراسات ذات الصلة.
ومع ذلك، فإن عضوية اللجنة العلمية لا تقتصر على المعماريين فحسب، بل تضم عادةً باحثين في مجالات الفقه الإسلامي، والهندسة الإنشائية، والأديان، والفلسفة، والعلوم الاجتماعية، والتاريخ.

كما يُؤخذ في الاعتبار التنوّع الجغرافي والإثني والثقافي لضمان أن يتضمن الإنتاج العلمي خبرات دولية متعددة، وأن تصل أبحاث عمارة المساجد إلى أوسع شريحة ممكنة حول العالم.
وتعمل اللجان العلمية عادةً على مراجعة أفضل الأبحاث العلمية والممارسات المعمارية لترشيحها للعرض والمناقشة خلال المؤتمرات.